生殖器疱疹，可以引起中枢神经系统并发症，如危疹性脑膜炎、脊髓神经根疾病、脊髓炎、自主神经功能障碍。生殖器疱疹皮损出现后的第2周，部分患者可出现生殖器外皮损，如手部疱疹性瘭疽。
播散性HSV感染后，病毒血行播散到多个器官，可发生间质性肺炎、肝炎及疱疹性脑膜炎。少数生殖器疱疹出现盆腔炎、直肠炎症状，表现为下腹痛、子宫附件触痛等。部分生殖器疼疱疹病毒可在骨氐神经节长期潜伏于神经细胞内，复发时会并发腰髓部神经炎髓炎，出现臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痹等症状。
在艾滋病流行的地区，该病还可增加艾滋病病毒感染的危险性，也可并发其他性传播疾病如琳病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疵、阴道念珠菌病、阴道滴虫等。
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