精子畸形的病因主要是五点：
1、激素或某些化学药物导致精子畸形：如：地糖皮质激素类长期服用、抗癌药、利血平、马利兰、呋喃类等对精原细胞的分裂和精子成熟亦有干扰作用，也会导致精子畸形。尤其值得注意的是，相对不是很严重的精子畸形有时也会使妻子怀孕，但是，这种怀孕是容易出现胚胎停止发育、流产、早产的。
2、染色异常：若畸形精子超过70%，则患者很可能存在染色体病，这时应进行染色体检查，染色体病治疗难度较大。
3、炎症引起精子畸形：多见于泌尿生殖道感染、先天性睾丸发育不全、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、慢性中毒、营养不良、精神过度紧张、性交过频、精索静脉曲张等均是导致畸形精子症的病因。
4、生殖器官病变：如：睾丸、附睾、精囊腺受到放射线照射，可引起精子发生突变，这种导致畸形精子症的 病因与精细胞突变与照射强度、照射时间有关。
5、高温、酗酒是导致精子畸形的原因：阴囊局部长期高热、长期酗酒，均是畸形精子症的病因。酗酒和长期饮用酒精含量较高的烈性酒，可以损害睾丸生精细胞功能、干扰精子生长成熟，使精子畸形。
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